精囊炎的治疗并不困难。假如体积不大，是自己或体检时偶然发现的，平时毫无症状，则无需治疗，只要向患者进行具体地解说和教育，解除思想顾虑即可。
假如精囊炎造成并发症或成为病人焦虑的根源时，就应予以手术切除。过去采取的单纯抽液并注入硬化剂使囊肿缩小的措施并不可靠，常可复发或造成感染，给将来的手术带来困难，故现在多主张手术切除。由于手术很小，病人不会有很大痛苦。一个很小的阴囊切口足以移动、分离和切除囊肿，手术效果往往很好。
手术时医生将仔细把囊肿与睾丸和附睾分离开，然后完整地把它切除。手术时医生会尽量仔细小心，以免压迫和破坏睾丸的血液供给或破坏附睾与输精管的连贯性。假如囊肿是开放的或术前抽吸过，液体将呈现稀薄、白色或混浊状，在显微镜下检查进可见不活动的精子。精囊炎手术切除带来的并发症很稍微，也很少见，包括阴囊血肿，不育症（假如切除了附睾），假如睾丸的血液供给受到影响，可以出现睾丸萎缩。不再需要生育的中老年患者，可以接受小剂量Ｘ射线局部照射，既能促进囊肿萎缩，也无明显副作用。
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